本文参照生物信息学数据库大全进行了整理和归类，重新进行了发布

第一大类：综合数据库、DNA数据库、RNA数据库、蛋白数据库

综合数据库

1. INSD：国际核酸序列数据库（International Nucleotide Sequence Databank）。由日本的DDBJ、欧洲的EMBL和美国的GenBank三家各自建立和共同维护。
2. EMBL库：欧洲分子生物学实验室的DNA和RNA 序列库。
3. GenBank ：美国国家生物技术信息中心 （NCBI）所维护的供公众自由读取的、带注释的DNA序列的总数据库。
4. DDBJ ：日本核酸数据库。
5. GSDB：美国国家基因组资源中心（NCGR）维护的DNA序列关系数据库（Genome Sequence DataBase）。
6. TIGR DATAbase：世界上最大的cDNA数据库，还有大量的EST序列和人类基因索引（HGI）。

DNA序列数据库

包括与DNA的复制、转录、修复等有密切关系的蛋白质因子。

1. BioSino：中国自主开发的核酸序列公共数据库。
2. CUTG,MM子使用频度表。
3. EPD：真核生物启动子数据库（Eukaryotic Promotor Database）。
4. TRANSFAC：真核生物基因表达调控因子的数据库。
5. TRRD:真核生物基因组转录调控区数据库。
6. OOTFD：转录因子和基因表达数据库。
7. RepBase真核生物DNA中重复序列数据库。
8. MicroSatellite：微卫星重复序列数据库。